はじめに

Rubyではじめる バイオインフォマティクス

このWebサイトでは、Rubyではじめるバイオインフォマティクス
-生物系のためのプログラミング入門- 多田雅人著(培風館)のなかで
使用されているプログラムやデータベースがダウンロードできます。

ダウンロード

これらのリンクをマウスで右クリック(Macの場合はしばらくクリック)して、
「対象をファイルに保存」などのメニューを実行してください。

Program_Ruby_Bio.zip (14.7MB)

uniprot_sprot.zip (142MB)

uniprot_sprot_win.fasta.zip (66.4MB)

uniprot_sprot_uni.fasta.zip (65.8MB)

uniprot_sprot、uniprot_sprot_win.fasta、uniprot_sprot_uni.fasta、の3つのデータは
12章で BLASTを実行するときに必要となります。
これら3つのファイルやフォルダをProgram_Ruby_Bio/Ch_12の中に
コピーして使用してください。

内容の補足

補足説明(1)

「4. Ruby と BioRuby の環境設定、4.2 Mac 編(27 ページ)」において、
Mac の OS バージョン 10.4 までは紙面に記載されてる方法で、BioRuby が
インストールできますが、バージョン 10.5 以降ではうまくインストール
できないことがあります。

この問題を回避するには、バージョン 10.5 以降で最初から Ruby と一緒に
OS に準備されている RubyGems を利用する方法があります。

Mac のターミナルを起動させて

「gem -v」

と入力してみてください。RubyGems のバージョン情報などが表示されれば、
RubyGems が利用できるので

「sudo gem install bio」

と入力してください。BioRuby のインストールは完了します。


補足説明(2)

本書のなかで、フォルダへのパスを表示するときのセパレータとして
「\(バックスラッシュまたはエンマーク)」を使用している箇所がありますが
(149ページ、bioruby-blast-3.rb、57行目など)、Rubyでの公式セパレータは「/(スラッシュ)」と
なっています。MacやLinux環境で「\」を使うと、プログラムが動かない場合がありますので、
変更してください(参考URL http://www.ruby-lang.org/ja/man/html/File.html)。


リンク

オブジェクト指向スクリプト言語 Ruby

Bioruby

培風館

Rubyではじめるバイオインフォマティクス(Amazon) (bk1)

「Rubyではじめるバイオインフォマティックス」のための学習環境整備

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